Cappella Farnese o Cappella del Legato (anticamente "palatina")

Uno dei luoghi più importanti del cerimoniale cittadino, fu costruita dall'architetto Aristotele Fioravanti intorno alla metà del Quattrocento, all'epoca dei lavori voluti nel palazzo dal Cardinal Bessarione.

Tra il 1551 e il 1565, su commissione del cardinal legato Girolamo Sauli, fu ampliata da Galeazzo Alessi cui si deve anche il fronte architettonico esterno - originariamente in arenaria - rivestito in scagliola a metà Ottocento durante gli interventi di restauro in sala Farnese.

La decorazione ad affresco risale al 1562, quando era papa Pio IV, sotto la legazione di Carlo Borromeo e la vice legazione del Cardinale Pier Donato Cesi, artefice del riassetto monumentale del centro cittadino (Palazzo dell'Archiginnasio, portico dell'Ospedale della Morte, palazzo dei Banchi, Fontana del Nettuno).

Autore del ciclo decorativo (oggi gravemente lacunoso) con Storie della vita della Vergine fu Prospero Fontana, in quegli anni artista di punta e protagonista della "Maniera" a Bologna e a Roma.

L'aspetto attuale è determinato da alterne vicende succedutesi nei secoli: il restauro seicentesco voluto dal cardinale Girolamo Farnese, l' uso incongruo come archivio e deposito nel periodo napoleonico e nel corso dell'Ottocento, fino al più recente recupero del 1992.