Nel 1884, nell'ambito dell' Esposizione nazionale di Torino, fu realizzata una mostra dedicata al Risorgimento nazionale, alla quale Bologna partecipò con numerosi oggetti e documenti. In quell'occasione, si iniziò a pensare alla istituzione di un Museo del Risorgimento nella città.

Qualche anno dopo, all'interno dell' Esposizione Emiliana del 1888, fu istituito un "Tempio del Risorgimento", che esponeva anche molte delle memorie già viste a Torino. 
L'esposizione ottenne un grande successo tanto che, alla sua chiusura, il Consiglio comunale deliberò l'istituzione di un Museo permanente, che venne inaugurato il 12 giugno 1893 in una sala al pian terreno del Museo Civico, con materiali in massima parte giunti attraverso donazioni.

Come gli altri Musei del Risorgimento, anche quello di Bologna sorse con un duplice intento: da una parte educare il popolo - e particolarmente le giovani generazioni - agli ideali patriottici, dall'altra favorire la ricerca storica sul recente passato e fornire strumenti per il lavoro degli studiosi; la Sala espositiva del Museo fu destinata ad adempiere alla prima funzione, mentre la Biblioteca era rivolta prevalentemente agli studiosi.
Nel 1915 ai Musei del Risorgimento venne affidato il compito di raccogliere documentazione di quella che veniva definita la "quarta Guerra di indipendenza". Analogamente, durante il fascismo, che si proponeva come prosecutore ideale del Risorgimento, vennero raccolti, sebbene con minore determinazione, materiali dell'impresa fiumana, delle guerre coloniali, della guerra di Spagna e della seconda Guerra mondiale.

Chiuso nel 1943, il Museo fu riaperto al pubblico nel 1954; il suo ambito di interesse si estese alla Resistenza, assumendo la nuova denominazione di "Museo civico del primo e secondo Risorgimento". Nel 1962 fu nuovamente chiuso. Nel 1975 venne di nuovo riaperto, con un diverso assetto espositivo: al "museo-sacrario" affastellato di reliquie, destinato a suscitare "commozione e reverenza" nel visitatore, si sostituì un Museo rivolto particolarmente alle scolaresche.

Nel 1990 il Museo, affiancato dai depositi dei materiali museali, dalle strutture didattiche e dal laboratorio di restauro, venne trasferito alla nuova sede di Casa Carducci. Nell'occasione, venne realizzato un nuovo percorso espositivo che partendo dalla Rivoluzione Francese giunge alla prima Guerra mondiale, tornando in tal modo alle origini, e nello stesso tempo alla denominazione di "Museo civico del Risorgimento".