L'allestimento attuale parte dal 1796 - anno dell'arrivo delle truppe rivoluzionarie francesi a Bologna - e giunge al 1918, alla fine della prima Guerra mondiale. Particolare importanza è data alle vicende della città: le testimonianze dell'epopea risorgimentale sono collocate all'interno della storia di Bologna, vista in tal modo non più esclusivamente dal punto di vista militare ed eroico, ma anche nei suoi aspetti culturali, sociali, politici ed economici. Oltre a cimeli, dipinti, armi, uniformi, bandiere, oggetti "patriottici" vari, sono esposti anche materiali documentari, quali manifesti, stampe, opuscoli, provenienti dalla Biblioteca.

Lo spazio espositivo è articolato in cinque aree e una sezione di filatelia e storia postale.
Le aree,organizzate secondo un criterio cronologico, sono le seguenti:

L'Età Napoleonica (1796-1814)
La Restaurazione (1815-1848)
L'Epopea Risorgimentale (1848-1860)
L'Italia Unita (1860-1914)
Bologna in guerra (1915-1918)

Nella sezione di filatelia e storia postale è sposta la collezione donata al Museo dal prof. Giorgio Tabarroni.

L'Età Napoleonica (1796-1814)
Con l'arrivo delle truppe francesi comandate dal generale Bonaparte, Bologna cominciò a conoscere le forme giuridiche dello Stato moderno, e la società nel suo complesso fu sospinta verso l'acquisizione di una nuova cultura politica ed economica.
La vicenda del Re di Napoli Gioacchino Murat testimonia in maniera esemplare l'intenso dinamismo della società napoleonica. La nascita di un esercito nazionale, la vendita dei beni ecclesiastici, la democratizzazione della società, l'ampio uso della simbologia repubblicana e rivoluzionaria, costituiscono alcuni importanti aspetti di tale rinnovamento. 

La Restaurazione (1815-1848)
In quegli anni le chiusure autoritarie non impedirono nella città l'affiorare di insopprimibili esigenze di crescita dell'organizzazione produttiva. La rapida conclusione della rivoluzione del 1831 mise in luce tutti i limiti della Carboneria e delle società segrete, spesso ancora troppo limitate ad una visione municipalistica; ma proprio da quel fallimento prendeva le mosse il movimento mazziniano.

L'Epopea Risorgimentale (1848-1860)
Sono gli anni decisivi del Risorgimento, quelli delle Guerre di indipendenza e della Spedizione dei Mille, di Garibaldi e del suo mito, ma per Bologna sono anche gli anni di Ugo Bassi - la figura più popolare del Risorgimento bolognese -, della battaglia dell'8 agosto 1848, del popolo in armi e della accesa dialettica partitica sostenuta dal fiorire di una stampa sempre più attenta al formarsi di correnti di opinione pubblica, tra mito neoguelfo, rivoluzioni repubblicane ed il costituirsi del nuovo ceto dirigente liberale.

L'Italia Unita (1861-1914)
Mentre, con l'acquisizione del Veneto e di Roma, andava completando la propria Unificazione politica, il nuovo Stato dovette al tempo stesso affrontare questioni decisive e inedite. Un intenso sviluppo economico, l'istruzione delle masse, la crescita della dialettica tra le varie forze politiche e sociali, i conflitti di idee e di interessi sempre più vivaci, la realizzazione di un nuovo assetto urbano rappresentarono altrettanti elementi di un impegno che in particolare coinvolse la comunità bolognese di quei decenni.

Bologna in guerra (1915-1918)
Propagandata come "ultima Guerra di indipendenza", in realtà la prima guerra mondiale costituì una novità assoluta: per le enormi risorse impiegate, per le armi micidiali utilizzate, per i rivolgimenti sociali, economici e politici che provocò. D'altra parte, essa costituì anche un banco di prova per la società cittadina bolognese, che si rivelò capace di forme di efficiente autogoverno e di risposta alle "emergenze" che il conflitto andava suscitando tra la popolazione civile.