La Biblioteca del Museo conserva un ingente patrimonio bibliografico e documentario riguardante la storia d'Italia e di Bologna in particolare, dalla fine del XVIII secolo alla seconda Guerra mondiale. Il materiale è per lo più d'epoca, vale a dire contemporaneo agli avvenimenti o risalente ai primi decenni del XX secolo.

Volumi e opuscoli: ca. 60.000, interamente catalogati con schedario cartaceo per autori e per soggetti. La catalogazione in rete nazionale SBN tuttora in corso, è giunta a coprire circa il 60% del patrimonio.

Periodici: parecchie centinaia di riviste d'epoca o specializzate; 120 in corso, interamente catalogati con catalogo cartaceo per testata. E' in corso la catalogazione in rete nazionale SBN.

Fondi d'archivio: oltre 80 fondi archivistici, di enti, personali e familiari, collezionistici, interamente ordinati e inventariati.

Stampe: ca. 5.000, catalogate e organizzate in un gabinetto delle stampe. Inventario per autore e per soggetto informatizzato consultabile in sede.

Manifesti: alcune migliaia, in parte riordinati in un fondo apposito, in parte collocati all'interno dei fondi archivistici.

Fotografie: alcune migliaia, in parte riunite in fondi fotografici, in parte collocate all'interno dei fondi archivistici. Da segnalare il Fondo Belluzzi, che contiene fotografie della seconda metà del XIX sec. di soggetto bolognese, dedicate a pittura, scultura e architettura, monumenti, avvenimenti e feste.
Dal 2005 è in corso una campagna di digitalizzazione, iniziata dal patrimonio collegato con la Grande Guerra (Monumenti ai caduti, fondi speciali legati al conflitto etc.)

Cartoline: oltre 10.000, in gran parte riordinate in album per argomento, le altre collocate all'interno dei fondi archivistici.

Tesi di laurea: oltre 1.500, relative alla storia del Risorgimento italiano, in massima parte discusse presso l'Università di Bologna con i professori Giovanni Natali e Umberto Marcelli, fra gli anni '30 e gli anni '70.
Un nuovo nucleo, donato dalla prof. Fiorenza Tarozzi nell'anno 2004, parte dagli anni '90 e giunge ad oggi.