Numerosi sono gli Archivi conservati presso la Biblioteca.
Tra essi segnaliamo l'Archivio della Società del Casino (1810 ca.-1870 ca.), quelli della Società Operaia di Bologna (1860-1913), della Società Pirotecnica Italiana (1865 ca.-1920 ca.), gli archivi di diverse società di Reduci e Superstiti delle battaglie risorgimentali, l'Archivio della Sezione Bolognese dell'Istituto Fascista dell'Africa Italiana e quello del Comitato Emiliano-Romagnolo per l'Indipendenza del Montenegro.
Per la conoscenza degli inizi del socialismo va ricordato il fondo contenente carte e stampati di Giuseppe Barbanti Brodano (1853-1931), l'avvocato che difese Andrea Costa ed altri internazionalisti, nonché manoscritti relativi al movimento anarchico romagnolo e nazionale di fine Ottocento (Acquisto Gollini).
Il Fondo Alberto Dallolio (1852-1935), uomo politico bolognese che fu Sindaco della città dal 1891 al 1902, contiene numerosi autografi di personaggi del Risorgimento, e in particolare dei protagonisti del processo di unificazione nazionale: Farini, Minghetti, Tanari, Casarini, e altri.
Importanti anche i fondi collezionistici creati all'inizio del Novecento riunendo materiale documentario di diversa provenienza. Il più importante è quello delle "Posizioni d’archivio", costituito da oltre 2500 fascicoli ordinati alfabeticamente e intestati a personaggi, luoghi o avvenimenti del Risorgimento.
Fondi analoghi sono dedicata alla Prima e alla Seconda Guerra Mondiale (quest'ultimo contiene anche documenti relativi a fascismo e dopoguerra).

Fondi consultabili in sede distaccata, presso
Archivio Storico del Comune di Bologna:

Dall'estate 2002, dopo un complesso lavoro di riordino, è stato messo a disposizione del pubblico anche l'Archivio della Casa di Rieducazione professionale per mutilati di guerra, costituito da 133 buste e registri, seguito nel giugno 2003 dall’Archivio della Guardia Civica Pontificia di Bologna, costituito da 96 buste, registri e mazzi, e nel 2005 dall'Archivio dell'Ufficio Notizie per le famiglie dei militari - Sezione di Bologna (1915-1919), composto da 126 buste.

La Casa di Rieducazione professionale per mutilati e storpi di guerra, attiva a Bologna negli anni del primo conflitto mondiale, fu istituita dal locale Comitato per l’assistenza agli invalidi di guerra, col quale collaboravano anche le forze armate e l'Istituto Rizzoli, specializzato in protesi ortopediche. Il recupero della capacità lavorativa dei militari mutilati avveniva privilegiando i lavori di piccolo artigianato, ma si insegnava anche l'allevamento di piccoli animali domestici, ed erano attive scuole di dattilografia, telegrafia, ciclismo, automobilismo, cultura generale.
Quando cessò di funzionare, l'archivio e la piccola biblioteca della Casa furono donati al Museo del Risorgimento. La biblioteca (costituita da pubblicazioni d'epoca riguardanti l'assistenza e il recupero dei mutilati di guerra) e una collezione di fotografie della Casa sono conservati presso il Museo del Risorgimento e da tempo sono a disposizione del pubblico, all'interno della sezione relativa alla prima Guerra mondiale.

La Guardia Civica Pontificia fu istituita da Pio IX il 5 luglio 1847, con il compito di "difendere il suo legittimo Sovrano, mantenere l'obbedienza alle leggi, e conservare o ristabilire l'ordine della pubblica tranquillità, coadiuvando, ove faccia d’uopo, le milizie attive dello Stato".
Organizzata su base comunale, ne facevano parte tutti i cittadini e gli esteri legalmente domiciliati: possidenti, proprietari, negozianti, esercenti professioni scientifiche o liberali, impiegati a soldo fisso, artigiani e capi di bottega, di età compresa tra i 21 e i 60 anni.
Il suo servizio ordinario si svolgeva prevalentemente all'interno della città, ma poteva anche svolgere servizi straordinari sul territorio e appoggiare l'azione dell'esercito. Strutturata in compagnie e battaglioni, era sottoposta all'autorità dei Comuni. La Guardia Civica di Bologna partecipò alle vicende della Prima Guerra di Indipendenza e della Repubblica Romana, finché venne sciolta il 18 maggio 1849, in seguito alla conquista della città da parte delle truppe austriache.

L’Archivio dell’Ufficio Notizie per le famiglie dei militari - Sezione di Bologna (1915-1919), costituito dalle carte e dalle schede prodotte dall’Ufficio Notizie per le famiglie dei militari, attivo a Bologna tra il giugno 1915 e gli anni Venti.
L’Ufficio Notizie per le famiglie dei militari venne creato poco dopo l’ingresso dell’Italia nella prima Guerra mondiale, per facilitare le comunicazioni sui soldati al fronte tra il Ministero della Guerra e le rispettive famiglie. A tal fine, esso provvedeva a raccogliere e conservare tutte le informazioni riguardanti ogni singolo militare, provenienti non soltanto dalle fonti ufficiali, ma anche dai cappellani militari, dalle infermiere da campo e da volontarie - le cosiddette “dame visitatrici” - che registravano i movimenti di entrata e uscita dei militari negli stabilimenti - caserme, ospedali, ecc. - dislocati fuori dalla zona di guerra.
Un Ufficio centrale, con sede a Bologna, dirigeva e coordinava il lavoro di sedici Uffici di Sezione, che operavano sul territorio, servendosi anche di Sottosezioni e Gruppi nei centri minori.
Ogni Sezione redigeva due schedari: il primo con le notizie relative a tutti i militari residenti nel territorio di propria competenza, il secondo relativo ai militari caduti che risiedevano o erano deceduti nel proprio territorio.
L’archivio è composto di 126 buste per quasi 100.000 schede, comprende i due schedari di cui si è detto, ordinati alfebeticamente.