Al primo piano -- sede delle Magistrature cittadine: gli Anziani con il Gonfaloniere, e il Senato-- il quartiere meridionale che ospitava gli appartamenti degli Anziani ha subito nel tempo consistenti trasformazioni. La grande sala d'Ercole, che conserva l'originario impianto rinascimentale con rifacimenti sei-settecenteschi, si apre all'ingresso con i calchi dei bassorilievi della Fontaine dei Innocents di Parigi, donati dallo stato francese al Comune di Bologna negli anni Trenta del secolo scorso in ricordo dello scultore francese Jean Goujon, attivo a Bologna attorno alla metà del Cinquecento. La statua in terracotta dipinta in finto bronzo con Ercole che abbatte l'Idra di Lerna (1519), di Alfonso Lombardi, allude probabilmente alla caduta dei Bentivoglio ed alla definitiva restaurazione pontificia nel governo della città. Un affresco con la Madonna del Terremoto di Francesco Francia, ex voto per il terremoto del 1505, fu trasportato sulla parete destra della sala nel secolo scorso dalla vicina piccola cappella degli Anziani, che presenta decorazioni ad affresco tardo barocche ed uno sfondato, di Donato Creti, nella cupola. L'adiacente sala degli Anziani, un tempo riservata alle riunioni, ha soffitto decorato da una grande prospettiva di Antonio Galli Bibiena e pareti affrescate a monocromo con scene storiche dovute ad Attanasio Scarabelli. Un vestibolo affrescato conduce infine nella Sala bianca (già Sala da Pranzo o Triclinium degli Anziani), un tempo adorna di dipinti di soggetto storico e che oggi ospita affreschi con scene mitologiche attribuite alla cerchia dei Carracci, appartenenti alle Collezioni Comunali d'Arte.